Итак, побродив по разным форумам, в том числе официальному англоязычному форуму TrueCrypt, собирая информацию по крупицам, но так и не найдя точного ответа на данный вопрос, пришлось изрядно напрячь голову и при помощи проведенных экспериментов было таки найдено решение ! Которое любезно и представляю всем заинтересованным.

Имеем HDD разбитый на 3 партиции:
1 – Primary 1
2 – Extended + Logical Disk
3 – Primary 2

В представлении БИОС это выглядит вот так:
hd0,0 – Первичный раздел, для открытой Windows 1
hd0,1 – Расширенный раздел
hd0,2 – Первичный раздел, для зашифрованной Windows 2
hd0,4 – Логический диск в расширенном разделе, открытый под данные

Главная идея: чтобы всегда было только 2 диска, с системой и логический, а второй системный был спрятан из виду. При этом один системный открытый, второй полностью зашифрован.

Порядок установки:
1. Делаем Primary 1 неактивным и невидимым (Hide) а Primary 2 активным и видимым (UnHide)

2. Устанавливаем Windows на Primary 2

3. Полностью шифруем 2й раздел TrueCrypt (Зашифровать раздел или весь диск с системой -> Обычный -> Зашифровать системный раздел Windows -> Одиночная загрузка)

4. Перезагружаемся и проверяем, TrueCrypt установил свой загрузчик в MBR и теперь после ввода пароля грузится зашифрованная система.

5. Теперь переходим к установке открытой системы, Primary 1 переключаем в режим активный и видимый, Primary 2 наоборот в неактив и невидимый. После перезагрузки снова будет ввода пароля но после его ввода операционка уже не должна загружаться.

6. Устанавливаем Windows на Primary 1. В процессе установки виндовый загрузчик перезапишет MBR своим. После установки теперь всегда автоматом, без всякого пароля будет загружаться открытая Windows

7. Теперь необходимо настроить загрузку в обе системы. Для этого нам понадобится бутменеджер grub4dos Русский мануал по адресу http://greenflash.su/Grub4Dos/Grub4dos.htm
Производить загрузки при помощи его можно разными способами, в мануале всё описано, в данном случае выбран способ установки grub4dos в MBR загрузочного диска, в этом случае основным загрузчиком будет являться grub4dos.

8. Для этого:
- скачиваем http://download.gna.org/grubutil/grubinst-1.1-bin-w32-2008-01-01.zip и разархивируем в любую папку на винчестере
- запускаем grubinst_gui.exe В поле Disk в ниспадающем списке выбираем hd0. Никакие галки не выставляем. Нажимаем кнопку Install
- скачиваем из http://nufans.net/grub4dos/ последнюю версию GRUB4DOS и разархивируем его в любую папку на винчестер. Из этой папки копируем в корень диска С: только 2 файла: grldr и menu.lst
- открываем MENU.LST в текстовом редакторе и вписываем:

timeout 0
hide (hd0,2)
unhide (hd0,0)
rootnoverify (hd0,0)
chainloader +1

Перезагружаемся и проверяем, должна загружаться открытая ОС

Для тех кто не хочет делать загрузочную флешку и его вполне устроит загрузка с жесткого диска, с возможностью выбора в какую систему загружаться, тогда файл MENU.LST будет выглядеть вот так:

timeout 5
default 0

title Windows 1 open
hide (hd0,2)
unhide (hd0,0)
rootnoverify (hd0,0)
chainloader +1

title Windows 2 encrypt
map --mem (hd0,0)/tc.iso (hd32)
map --hook
hide (hd0,0)
unhide (hd0,2)
rootnoverify (hd0,2)
chainloader (hd32)

Внимание: файл tc.iso это переименованный TrueCrypt Recovery Disk.iso, он должен находится в корне диска С: открытой системы.

9. Переходим к этапу создания загрузочной флешки для зашифрованной Windows. Чтобы с флешки можно было загружаться её нужно отформатировать, например программой HPUSBFW или PeToUSB. После этого, аналогично алгоритму пункта 8 переносим в её MBR загрузчик GRUB4DOS. На флешке в итоге должны быть файлы grldr, menu.lst и TrueCrypt Recovery Disk.iso (я его переименовал в tc.iso)

10. Вписываем в menu.lst расположенный на флешке следующее:

timeout 5
default 1

title Windows 1 open
map (hd0) (hd1)
map (hd1) (hd0)
map --hook
hide (hd0,2)
unhide (hd0,0)
rootnoverify (hd0,0)
chainloader +1

title Windows 2 encrypt
map --mem (hd0,0)/tc.iso (hd32)
map --hook
map (hd0) (hd1)
map (hd1) (hd0)
map --hook
hide (hd0,0)
unhide (hd0,2)
rootnoverify (hd0,2)
chainloader (hd32)

В этом случаем файл tc.iso также находится в корне диска но уже на флешке.

А теперь самый главный момент, без которого загрузка в зашифрованную систему будет невозможна ! Загрузчик TrueCryptа ВСЕГДА загружает только первую активную партицию, даже если она будет установлена как скрытая (Hide) он всё равно будет загружать именно её ! Поэтому активной партицией ВСЕГДА должна быть только та, на которой установлена зашифрованная ОС. В нашем случаем с Primary 1 нужно снять флаг Активная и установить этот флаг на Primary 2. На загрузку открытой ОС установленной на Primary 1 это никак не повлияет, т.к. grub4dos после своей загрузки передает управление Виндовому загрузчику, а тому абсолютно фиолетово активный раздел или нет, он просто берет и загружает операционку.

Вот вроде и всё.

P.S.
В дополнение приведу еще один способ загрузки в зашифрованную систему, используя не загрузочный iso образ, а файл с MBR записью TrueCrypt из нулевой дорожки жесткого диска.
Для этого после шага 4, используя программу MBRWiz сохраняем mbr в файл ( mbrwiz.exe /Save=mbr ). Когда будет создана загрузочная флешка закидываем этот файл на неё и в menu.lst пишем следующее:

title Windows 2 encrypt
map (hd0) (hd1)
map (hd1) (hd0)
map --hook
hide (hd0,0)
unhide (hd0,2)
rootnoverify (hd0,2)
chainloader (hd1,0)/mbr

P.P.S.
Описанная технология опробована лично мной и работает отлично. Просьба не доставать вопросами типа «не получается сделать загрузочную флешку» т.к. этот вопрос на самом деле очень тёмный и в случае невозможности запуска причин может быть миллион, но ответ в принципе один – пробовать на другой флешке. В процессе я сам столкнулся с тем что одна USB флешка не в какую не хотела становиться загрузочной под grub4dos. После записи в её mbr загрузчика grub4dos при перезагрузке она не грузилась, а вылетала ошибка Missing MBR-helper. После часа различных манипуляций и форматирований я плюнул, достал с фотоаппарата карту памяти, вставил ей в кардридер ноутбку, отформатировал, закинул mbr и необходимые файлы grub4dos и с этой карточки загрузка пошла на ура с первого раза ! Вот такие чудеса…

Пробуйте. Разбивка по партициям и количество ОС на жестком диске может быть различно, кому нужно по другому думаю почитав манул grub4dos разберется. Главное что я показал основной принцип как это сделать и то что это реально работает.