Наткнулся на один интересный проект - TCTEMP http://tctemp.t35.com/
Это дополнением к TrueCrypt, используемое для шифрования файла подкачки (swap-файла) Windows, временных каталогов и другой временной информации, например папки очереди принтера.

Там же увидел TCGINA http://tcgina.t35.com/ - дополнение к TrueCrypt для шифрования пользовательского профиля.

Оба проекта предназначены для использования в случае, когда по каким-либо причинам нельзя использовать полное шифрование ОС.