Вот что написано по этому поводу в инструкции к программе TrueCrypt:

Если Windows повреждена и не может запуститься, Восстановочный диск TrueCrypt позволяет вам перманентно дешифровать раздел/диск перед запуском Windows. В окне Восстановочного диска выберите Опции отладки > Перманентно дешифровать системный раздел/диск (Repair Options > Permanently decrypt system partition/drive). Введите верный пароль и подождите, пока не завершится дешифровани. Далее вы можете, например, загрузить свой диск установки MS Windows для восстановления установленной Windows. Отметьте, что эта опция не может быть использована для дешифровки скрытого тома, на котором размещена скрытая операционная система.

Заметка: В качестве альтернативы, если ваша Windows повреждена (не может запуститься), и вам нужно ее восстановить (или получить доступ к файлам на ней), вы можете избежать дешифрования системного раздела/диска, следуя данным пунктам: Если на вашем компьютере установлено несколько операционных систем, загрузите ту, которая не запрашивает предзагрузочной аутентификации. Если на вашем компьютере не установлено несколько операционных систем, вы можете загрузить WinPE или BartPE CD/DVD-диск или вы можете подсоединить ваш системный диск как вторичный или внешний диск к другому компьютеру и затем загрузить операционную систему, установленную на компьютере. После того, как вы загрузите систему, запустите TrueCrypt, нажмите Выбрать устройство (Select Device), выберите поврежденный системный раздел, нажмите OK, выберите Система > Монтировать без предустановочной аутентификации (System > Mount Without Prre-Boot Authentification), введите пароль, запрашиваемый перед загрузкой и нажмите OK. Раздел будет смонтирован на обычный том TrueCrypt (данные будут дешифрованы/зашифрованы в ОЗУ на лету как обычно).